A törökkel vívott 1526-os vesztes mohácsi csata utáni anarchikus belháború idejében, többször is gazdát cserélt az egymással háborúzó Szapolyai János és Habsburg Ferdinánd királyok párthívei között. Bebek Ferenc báró, a korszak hírhedt rablólovagjainak egyike, még egy hamispénzverő műhelyt is berendeztetett falai között, melynek egykori olvasztókemencéjét feltárták a múlt titkait kereső régészek. Ahmed, váradi pasa 1685 őszén elfogatta Thököly Imre felső-magyarországi fejedelmet azzal a szándékkal, hogy a bécsi udvarnak kiszolgáltatva békét vásároljon az egyik vereségét a másik után elszenvedő töröknek. Erre a hírre a még megszállás alatt lévő várak őrségei sorra meghódoltak az előrenyomuló császári katonaságnak, így Boldogkő vára is kardcsapás nélkül jutott a Habsburg zsoldosok kezére. Pusztulása 1701-ben következett be, mikor a kiküldött császári különítmény puskaporral részben felrobbantotta a védőműveit.

A kuruc szabadságharcban nem játszott hadi szerepet, mivel azonban a lőcsei jezsuiták birtokolta épületekben gabonaraktárt rendeztek be, nem bontották el falait. 1753-ban megvásárolta Pécsújfalusi Péchy Gábor királyi tanácsos, aki nem itt, a kényelmetlen és romossá vált erődítményben, hanem a völgybeli jobbágyfalu területén építtetett barokk stílusú kastélyában lakott.

A XIX. század végén a földbirtokos Péchy család a középkori erősségben helyreállítási munkálatokat végeztetett, aminek során a lerombolt várfalak egy részét kiegészítették és a palota ablak-, ajtónyílásait csúcsívesre cserélték ki. Romjainak helyreállítását az 1960-as években kezdték el a műemlékvédelmi szakemberek, hogy újjászülető falai között színpompás várjátékokkal idézhessék fel a daliás történelmi időket.