A magyar vezérkar mindezek ellensúlyozására életbe léptette a saját védelmi tervét. A határt Csikériától a Dunáig a 15. gyalogdandár és a 16. határvadász-zászlóalj, míg Csikériától keletre a Tiszáig a 14. gyalogdandár és a 66. határvadászezred védte. A Dunától nyugatra Somogyudvarhelyig a 11. gyalogdandár biztosított. A határvédelem vezetésére a 3. hadsereg-parancsnokság beérkezéséig az V. hadtestparancsnokot jelölték ki. A folyamerők 6-án és 7-én a Dunán kapuval, a Tiszán kapu nélküli zárakat létesítettek. A Tiszán az 1. folyamzárzászlóalj Szeged alatt, a Dunát Dunaszekcsőnél az őrnaszád ezred első osztálya biztosította. A zártelepítés mind a két folyón április 8-ára befejeződött. A csapatok felvonulásának biztosítása érdekében az előrevonási útvonalakra és átkelőhelyekre műszaki és légvédelmi egységeket rendeltek ki.

A Graz felé repülő jugoszláv bombázók miatt Budapesten április 6-án 18 órakor szólaltak meg először a szirénák. Légiharcra nem került sor, mivel a Mátyásföldről felemelt 1/3-as vadászszázad nem találkozott ellenséges gépekkel. Április 7-én már hazánkat is több légitámadás érte. Szegedet hat alkalommal támadták meg a jugoszláv királyi légierő gépei. A célpont a vasútállomás és a repülőtér volt. A károk a magyar légvédelemnek és a német vadászrepülőknek köszönhetően nem voltak jelentősek. A jugoszláv kötelékek közel 70%-os veszteséget szenvedtek. Az utolsó három támadásnál a bombázógépek már meg sem tudták közelíteni célpontjaikat. Az utolsó kísérletben már csak két gép vett részt. A magyar légvédelem mindkettőt lelőtte.
Kisebb kötelékek támadták meg Pécset, Szegedet, Siklóst, Kelebiát, Körmendet, Zalaegerszeget és több vasúti szerelvényt, közöttük személyvonatokat is. Az anyagi kár nem volt jelentős, de egy gyermek meghalt, és többen súlyosan megsérültek. Április 8-ától érezhetően csökkent az ellenség légitevékenysége, csak szórványos berepüléseket hajtottak végre valószínűleg felderítési feladattal.
A légitámadásokkal párhuzamosan kisebb összetűzésekre került sor a szárazföldön is. A jugoszláv granicsárok (határőrök) több esetben átlépték a magyar határt, és támadást intéztek biztosító erőink ellen. A magyar határvadászok a támadásokat minden esetben visszaverték, és több foglyot ejtettek.

A vezérkar a folyamatban lévő felvonuláshoz igen pontos és részletes terveket adott ki. Minden alakulat számára meghatározta a felvonulás módját, rendjét és idejét. Alegységekre lebontva előírták, hogy melyek menetelnek, melyek kerülnek vasúti szállításra, illetve melyek mozognak saját járműveikkel. A gyalogos és a gépjárműves alakulatok számára felvonulási útvonalakat, míg a vasúton szállítottak számára kirakó- és gyülekezési körleteket jelöltek ki.
Ezt az amúgy is túlszervezett felvonulási tervet a vezérkar maga borította fel kapkodó intézkedéseinek kiadásával, amit a mozgósításból adódó nehézségek még tovább bonyolítottak.

A támadás kitűzött napjára a 3. hadseregnek csupán alig több mint a fele érkezett be tevékenységi körzetébe. Az egységek összekeveredtek, a katonák kimerültek a nagy távolságú erőltetett menetektől, a gépjárművek pedig, nem rendelkeztek elegendő üzemanyaggal.