Mai napig kérdés, hogy az 1848 márciusában békésen kezdődött forradalom hogyan alakult át véres, pusztító polgárháborúvá. Miként az közismert, az 1848. évi VII. törvény kimondta Magyarország és Erdély unióját. A problémát az jelentette, hogy az 1848. május 15-17. között tartott balázsfalvi gyűlésükön a románok is megfogalmazták saját igényeiket, így önálló nemzeti parlamentet követeltek és létrehozták a Román Nemzeti Bizottságot, melyet afféle erdélyi román kormánynak tekintettek. Az erdélyi románok szövetkeztek az ellenséges osztrák erőkkel és fegyverkezni kezdtek a magyarok ellen. Ennek hírére Alsó-Fehér vármegye számos településéről megindult a magyarok áradata Nagyenyed felé, a város megtelt menekülőkkel, összesen mintegy 4000 fő, értelemszerűen főként nők, öregek, gyermekek, betegek zsúfolódtak össze Enyeden, hiszen az egészséges férfiak a honvédség kötelékében harcoltak. 

Így érkezett el 1849. január 8-ának gyászos éjszakája. Az Enyedtől mintegy 5 km-nyi távolságra fekvő Csombordon táborozó Axente Sever és Prodan Simion pópa feleskette gyülevész haramiahadát, majd megindultak a város felé. Szilágyi Farkas majdani református lelkész, aki gyermekként élte meg a szörnyűségeket, utóbb így emlékezett vissza az enyedi Szent Bertalan éjszakára: amint a román csőcselék betört a városba és felgyújtotta az első épületeket, „kezdetét vette a lövöldözés, az ablakok és kapuk betörése, a rablás és ordítozás, a megtámadottak rémes sikoltozásai és jajveszékelései, olyan pokoli lárma, melynek hallatára az ember testében a vér megfagyott”. Jellemző, hogy az iszonyat kiáltásai és a dúlás eszeveszett alvilági hangjai még a Nagyenyedtől 22 km-re fekvő Mihálcfalván is hallhatóak voltak
Akit nem vertek agyon saját házában vagy nem szenvedett ott azonnal tűzhalált, rémülten rohant hiányos öltözetben az utcára a mintegy mínusz 20 fokos hidegben, és kétségbeeséssel próbált üldözői elől menekülni.

A fosztogatás és vérontás látványától megrészegülő oláh csőcselék kit doronggal vert agyon, kit lándzsával szúrt keresztül, kit eltaposott, kit agyonlőtt – a gyilkolás módszerei nagyon változatosak voltak. A lakóházak kifosztásán és felgyújtásán túl nem kímélték a szent helyeket, a templomokat sem. A híres református templomban összetörték az úrasztalát, az orgonát, a padokat, a karzatot – egyszóval mindent, sőt, belovagoltak a templom épületébe. A fosztogató söpredék elpusztította a Bethlen Gábor által 1622-ben alapított református kollégium épületét annak híres könyvtárával együtt, valamint elhamvasztotta az erdélyi református egyház püspöki levéltárát is. Számos felbecsülhetetlen értékű ősnyomtatvány lett semmivé. Nem járt jobban a katolikus minorita templom és rendház épülete sem. Ugyanazt az őrült pusztítást vitték végbe a mócok, mint a református egyház épületében. Az a szörnyűség pedig, amelyet a minorita házfőnök, Viskóczi Henrik elszenvedett, még a legképtelenebb horror regényeket kieszelő szerzők fantáziáját is bőségesen felülmúlja. S az egészben az a leghihetetlenebb, hogy e borzalmakat a házfőnök túlélte. Ő maga később így emlékezik vissza kálváriájára: „ Magam valék első áldozata a gyilkosoknak, kik is fejemen öt halálos sebet ejtvén, két ujjamat levágva és két szuronyszúrással az oldalamat majd’ halálosan kilyukasztva, félholtan a földre hirtelen leterítettek, és minden ruhától levetkőztetve, hét lövéssel idvezlettek”. Papjai vitték a derék atyát vissza a rendházba. Azonban a felfegyverzett csőcselék oda is betört, további tortúra várt még Viskóczi atyára: újból ütlegelni kezdték a haldokló embert, majd a „biztonság kedvéért” még egy újabb, nyolcadik golyót is beléeresztettek. Csodával határos módon a rendházfőnök mégis életben maradt, Tordára menekítették és később felépült sebeiből. A nagyenyedi szörnyű események 1849. január 8-ának éjszakáján kezdődtek, általánossá másnap, január 9-én váltak, tetőpontjukat pedig január 10-én érték el, de a fosztogatás és gyilkosságsorozat csak 17-én fejeződött be. A magyarirtásnak mintegy 800-1000 főnyi halálos áldozata volt, ám legalább ugyanennyien fagytak halálra a kegyetlenül hideg téli időben. Az agyonvertek, meggyilkoltak, kibelezettek földi maradványait a várfal előtti sáncokba hányták, illetve a korábban mészégetőgént használt gödrökbe kerültek. Egyidejűleg a szomszédos Alsó-Fehér és Torda megyei településeken is folyt a magyarság kiirtása, ennek következtében végleg megváltoztak e térségben az etnikai arányok a románok javára.

Román részről a mai napig nem kértek bocsánatot az általuk elkövetett szörnyűségekért, Silviu Dragomir történész később elismerte a barbárság tényét. 1993-ban pedig a főkolomposnak, Axente Severnek a bűntett színhelyén, Nagyenyeden szobrot állítottak. Talán ehhez a tényhez már nem is szükséges semmiféle kommentár.

1848. szeptember 29-én, a pákozdi győztes csatával világossá vált a bécsi kormányzat számára, hogy nem számolhat a magyar szabadságharc azonnali elfojtásával. Az osztrák kormányzat a szerbek és románok fellázításával próbálta a magyarokat többfrontos háborúra kényszeríteni.
Egy erdélyi román ügyvéd, Avram Lancu vezetésével 1848 októberében megfélemlítő hadjárat indult az Erdélyi-szigethegység környékén található magyar települések ellen. Az egyik legvéresebb román akció a zalatnai mészárlás volt, ahol 700 fegyvertelen magyart mészároltak le 1848. október 24-én. A férfiak a magyar szabadságharc seregében szolgáltak, így nem harc volt ez, hanem közönséges, aljas mészárlás.

A vérengzések 1849 tavaszáig folytatódtak, a gyilkosságokat rendkívül kegyetlenül hajtották végre: nem volt ritkaság a végtagok lefűrészelése, elevenen megégetés, földbe ásás, eke elé fogás, megvakítás, karóba húzás, nők, lányok megerőszakolása és halálra kínzása.
Bem erdélyi hadjáratát követően, miután sikerült 1849 márciusára a császáriak csapatait Erdélyből kiűzni, a magyar hadvezetés viszonylag kis létszámú haderő átcsoportosításával a románok vérengzéseinek gátat tudott szabni.

A vérengzések egyik különösen borzalmas csúcspontja az 1849. január 8-i nagyenyedi népirtás volt.

A várost az Axente Sever és Prodan Simion muzsnaházi pópák vezette román felkelők támadták meg. Az ortodox karácsony másnapján, éjszaka elszabadult a pokol. 800-1000 védtelen embert mészároltak le helyben, nem kímélve csecsemőt, nőt, aggastyánt sem. Közel ugyanennyien, akik mezítláb a környező hegyekbe menekültek, megfagytak a huszonnégy fokos dermesztő hidegben.

A Kollégium évszázados szellemi értékei a sárban végezték, a haramiák által többre becsült holmik kocsiszámra a támadókat gazdagították. A halottak egy részét a vársáncba, másik felét az addig mészoltónak használt, a vár sáncai melletti gödörbe temették, ahol, bokroktól takarva, csak a dátumra és az áldozatok számára emlékeztető tábla áll. A borzalmas halálnemek kiagyalóinak nem büntetés járt, hanem Erdély-szerte szobrok és utcanevek hirdetik “dicső tetteiket”.

Az első mészárlásra 1848 október 19-én került sor, Kisenyeden. Ezt a települést a magyarok annyira biztonságosnak gondolták, hogy még a szomszédos településekről is ide jöttek védelmet keresni. A románok ostromolni kezdték a falut, de a magyarok több napig kitartottak. Végül aztán letették a fegyvert, mire a románok 140 embert – férfit, nőt, gyermeket – lemészároltak.
Pár nappal később Székelykocsárdot pusztította el egy felkelő csapat, itt összesen 60 magyart végeztek ki, állítólag olyan kegyetlenséggel, hogy a falu három lakosa, aki elbújt a románok elől, látva a borzalmakat felakasztotta magát.

Gerendkeresztúron 200 magyart gyilkoltak meg.

Zalatna és Abrudbánya bányavárosokat felgyújtották, a menekülő lakosságot Ompolygyepü határában lemészárolták. 1700 magyar esett itt áldozatul.
Október 23.-án Boroskrakkó és a környező települések magyarjait végezték ki. A lemészároltak száma 200.
Október 28.-ról 29.-re virradó éjszaka Borosbenedek 400 magyar lakosát végezték ki.
Október 29.-én Magyarigen 200 magyar lakosát ölték meg.
Borosbocsárdon megközelítőleg 40 magyart végeztek ki.
Marosújvárra a környékről 90 magyar nemest toboroztak össze, akiket Balázsfalvára akartak hurcolni. Azonban alig hogy elindultak Marosújvárról, a csoportot egy román pap megimádkoztatta, majd mindannyiukat legyilkolták, holttesteiket a Marosba dobva.
A székely lakosságú Felvincet a személyesen Avram Iancu által vezetett sereg dúlta fel, itt 30 magyart öltek meg, az elmenekült lakosságból további 170 halt éhen vagy fagyott meg a téli hidegben.
Következzen egy lista az 1848-49-ben a román felkelők által erdélyi magyar falvakban elkövetett vérengzésekről:

Dátum – Település – Magyar áldozatok száma

1848. október 12. Kisenyed (Sangatin) 140
1848. október Magyarigen (Ighiu) 176 család
1848. október Asszonynépe (Asinip) ?
1848. október Boklya (Bochia) 30
1848. október Borosbocsárd (Bucerdea Vinoasa) 73
1848. október Bugyfalva (Budesti) ?
1848. október Csáklya (Cetea) ?
1848. október Forrószeg (Forosig) ?
1848. október Mikeszásza (Micasasa) ?szinte mind
1848. október Zám (Zam) ?
1848. október 20. körül Balázsfalva (Blaj) térsége 400
1848. október Alvinc (Vintu de Jos) 2 békeküldött
1848. október Sárd (Sard) környéke 300
1848. október Algyógy (Geoagiu) 85
1848. október 24. Ompolygyepüi (Presaca Ampoiului) vasúti megállóhely – 700 zalatnai magyar
1848. november 13. Felvinc (Unirea) 200
1849. január 8. Nagyenyed (Aiud) 800
1849. január 18. Marosnagylak (Noslac), Hari (Heria), Marosdécse (Decea), Inakfalva (Inoc), Felvinc (Unirea) (100?)
1849. január Marosújvár (Ocna Mures) 90
1848 december 9. Köpec 51
1848. december 14. Kővárhosszúfalu (Satulung), Bácsfalva (Bacea), Türkös (?), Alsócsernáton (Cernat)?, Tatrang (Tarlungeni), Zajzon (Zizin), Pürkerec (Purcareni) ?
Gerendkeresztúr (Grindeni) 200
1848. október 28. Borosbenedek (Benic) a teljes falu
1848. október Székelykocsárd (Lunca Muresului) 60
1848. Gyulafehérvár (Alba Iulia) ?
1848. október Naszód (Nasaud) ?
1848. október Borbánd (Baraban?) ?
1848. október 25. Kőrösbánya (Baia de Cris) és Cebe (Tebea) között a teljes Brády-család
1848. október Radnót (Iernut) környéke majdnem teljes falvak lakossága
1849. május Abrudbánya (Abrud) 1000
1849. május Bucsesd (Buces) 200

Forrás: Nagyenyed történelme